Se trata de una de las iglesias más antiguas de Madrid. En un principio fue un templo de origen mozárabe y una de las diez parroquias que se enumeran en el fuero de 1202. No obstante, se cree que ya existía en época de San Isidro, siendo feligrés de esta parroquia durante su vida (Siglo XII). Fue reformada en el siglo XV para que el templo englobara el lugar donde nació dicho santo. Además se creó un pasadizo que unía la iglesia con el Palacio de los Lasso (residencia en Madrid de los Reyes Católicos) y que, a modo de puente, salvaba la Costanilla de San Andrés. El plano de Texeira (1656) recoge este pasadizo, siendo eliminado años más tarde. Aún hoy en día puede apreciarse el pasillo tapiado del antiguo pasadizo.
La iglesia fue derruida en 1656 para ser reconstruida de nuevo, pero con una orientación distinta a la anterior y uniendo la capilla de San Isidro al complejo.
Tras ser incendiada en 1936, se pierde el retablo mayor de 1659, realizado por Juan de Lobera.